Η ενίσχυση της έρευνας και η υποστήριξη των επιστημών αποτελεί πάγια μέριμνα του Ιδρύματος Ιωάννου Φ. Κωστοπούλου. Δεν νοείται πολιτισμός χωρίς τη στήριξη και την προώθησή τους.
Αρκετοί είναι οι επιστήμονες που συνέχισαν ή ολοκλήρωσαν την έρευνά τους χάρη στην αρωγή του Ιδρύματος. Αναφέρονται όλοι ονομαστικά στο Παράρτημα της παρούσης εκδόσεως, καθώς θα ήταν δυσχερής η πλήρης καταγραφή των περιπτώσεων εντός του κειμένου. Για την καλύτερη, ωστόσο, κατανόηση των κριτηρίων επιλογής των προς ενίσχυση μεμονωμένων ερευνητών, θα δώσουμε ένα μοναδικό, πλην εύγλωττο, παράδειγμα· αυτό της αειμνήστου καθηγήτριας του Πανεπιστημίου Αθηνών Ελένης Κούκκου, η οποία είχε αφοσιωθεί στη μελέτη του βίου του Ιωάννη Καποδίστρια και την προβολή του έργου του, αφήνοντας το έργο της ημιτελές λόγω του επισυμβάντος θανάτου της. Επιθυμία μας, όμως, είναι, κατά κύριο λόγο, η στήριξη συλλογικών προσπαθειών έρευνας, μέσα από αναγνωρισμένου κύρους εκπαιδευτικά ιδρύματα. Ως παράδειγμα αναφέρουμε την επιστημονική ομάδα του Πανεπιστημίου Αθηνών που μελετά, σε συνεργασία με διεθνείς επιστήμονες, τον Μηχανισμό των Αντικυθήρων. Η εν λόγω ομάδα, που βεβαίως δεν είναι η μόνη που ασχολείται με τον Μηχανισμό, αναβάθμισε, χάρη στη δωρεά μας, τον τεχνολογικό της εξοπλισμό και μπόρεσε να προβάλλει τα νεώτερα ευρήματά της σε επιστημονικά συνέδρια και εκθέσεις στην Ελλάδα και το εξωτερικό. Ομοίως, αν και κατ’ εξαίρεσιν, στηρίξαμε την αγορά εξοπλισμού από το Ίδρυμα Ιατροβιολογικών Ερευνών της Ακαδημίας Αθηνών, παρότι η δράση του δεν εμπίπτει άμεσα στους σκοπούς μας.
Πολλάκις έχει επίσης υποστηριχθεί το Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών και ειδικότερα το Ινστιτούτο Νεοελληνικών Ερευνών. Τα πλέον πρόσφατα προγράμματα που στηρίχθηκαν από το Ίδρυμα Ιωάννου Φ. Κωστοπούλου είναι τα Σεμινάρια Ερμούπολης του 2006, η συγκρότηση σε ηλεκτρονική βάση της Εργογραφίας της Ιστοριογραφίας του Νέου Ελληνισμού και της βιβλιογραφίας της Ιστορίας της Ιστοριογραφίας του Νέου Ελληνισμού (15ος-20ός αι.), δύο ερευνητικές αποστολές στη νότια Ρωσία για τη μελέτη της συμβολής των Ελλήνων στην ανάπτυξη των πόλεων-λιμανιών της Αζοφικής Θάλασσας (19ος-αρχές 20ού αιώνα) και η έκδοση και ανατύπωση του έργου του βυζαντινολόγου και ακαδημαϊκού Μανόλη Χατζηδάκη «Έλληνες Ζωγράφοι μετά την Άλωση (1450-1830)».
Οι δυνατότητες που προσφέρουν οι νέες τεχνολογίες έχουν οδηγήσει πολλούς φορείς στην αναζήτηση πόρων για την ψηφιοποίηση των αρχείων τους. Εγχείρημα διεθνούς επιστημονικού ενδιαφέροντος που αξιοποίησε στο έπακρο τη δυναμική της σύγχρονης τεχνολογίας και έτυχε της αρωγής μας αποτέλεσε η ψηφιακή ανασύσταση του Σιναϊτικού Κώδικα. Υπό την αιγίδα της Βρετανικής Βιβλιοθήκης, το χειρόγραφο του Σιναϊτικού Κώδικα ανασυστάθηκε εκ τριών σωζομένων σπαραγμάτων που φυλάσσονταν σε διαφορετικές βιβλιοθήκες. Το εγχείρημα αυτό αποτελεί μέρος ενός μακρόπνοου ερευνητικού προγράμματος για την ιστορική έρευνα, ταύτιση, συντήρηση, μεταγραφή και τελική ψηφιοποίηση του Κώδικα. Μεταξύ άλλων περιπτώσεων ψηφιοποιήσεως, το Ίδρυμα υποστήριξε και το πρόγραμμα «Αποθησαύριση του Πατριαρχικού Αρχείου Κωνσταντινουπόλεως» που υλοποίησε το Οικουμενικό Πατριαρχείο μέσω της Επιτροπής Ερευνών του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης. Ο πλούτος του αρχείου του και η σημασία του εγχειρήματος γίνεται αντιληπτή, αρκεί να αναφέρουμε ότι κατά την επταετή περίοδο συστηματικής ψηφιοποιήσεως (1998-2004) αποθησαυρίσθηκαν ένα εκατομμύριο (1.000.000) σελίδες περίπου. Μια ακόμη χαρακτηριστική περίπτωση είναι το πρόγραμμα της Σχολής Χιλλ για την ψηφιοποίηση του αρχείου των μαθητών της από τον 19ο αιώνα.
Κατά την τριακονταετή ιστορία του, το Ίδρυμα έχει, επίσης συχνά, συμβάλλει στην επιτυχή διοργάνωση συνεδρίων. Ενδεικτικά αναφέρουμε το συνέδριο υπό την αιγίδα της Ακαδημίας Αθηνών με θέμα «Η Τέταρτη Σταυροφορία και οι επιπτώσεις της», που πραγματοποιήθηκε το 2004, με αφορμή την 800η επέτειο της Αλώσεως της Κωνσταντινουπόλεως από τους Σταυροφόρους το 1204. Εξάλλου, στο ευρύ πεδίο της έρευνας θεωρούμε ότι εντάσσονται και περιοδικές εκδόσεις εξειδικευμένων επιστημονικών περιοδικών που εστιάζουν σε συγκεκριμένες θεματικές περιοχές, όπως τα περιοδικά «Μνήμων» της Εταιρείας Μελέτης Νέου Ελληνισμού, «Historein. A review of the Past and Other Stories» της Εταιρείας Μελέτης της Ιστοριογραφίας και της Θεωρίας της Ιστορίας, «Διοτίμα» της Ελληνικής Εταιρίας Φιλοσοφικών Μελετών, «Πελοποννησιακά» της Εταιρείας Πελοποννησιακών Σπουδών, «Ερανιστής» του Ομίλου Μελέτης Ελληνικού Διαφωτισμού ή «Τα Νομισματικά Χρονικά» της Ελληνικής Νομισματικής Εταιρείας. Στις συντακτικές επιτροπές όλων των παραπάνω εγχειρημάτων συγκαταλέγονται ερευνητές κάθε ηλικίας, εκπροσωπώντας τα επιστημονικά ρεύματα του καιρού τους.
Η τάση στηρίξεως επιστημονικών εκδόσεων περιοδικού χαρακτήρα αντιρροπείται, όμως, από την ενίσχυση μακρόπνοων εκδοτικών εγχειρημάτων, που αποτελούν καρπό συνεργασίας επιστημόνων διαφόρων ειδικοτήτων απ’ όλο τον κόσμο. Ανάλογο παράδειγμα είναι αυτό του εκδοτικού προγράμματος με τίτλο «Lexicon of Greek Personal Names» της Βρετανικής Ακαδημίας υπό την καθοδήγηση των καθηγητών P.M. Fraser και Ε. Matthews. Το εγχείρημα περιλαμβάνει τη συγκέντρωση, τεκμηρίωση και έκδοση όλων των προσωπικών ελληνικών ονομάτων που απαντώνται μέχρι και τον 6ο αι. μ.Χ. σε επιγραφές, χειρόγραφα, κείμενα, νομίσματα και ευρήματα κάθε είδους.
Αντικείμενο έρευνας αποτελούν, όμως, συχνά και σύγχρονες μέθοδοι που προκύπτουν από την ανάγκη διαφορετικής προσεγγίσεως ή και αναθεωρήσεως παλαιοτέρων. Ένα τέτοιο εγχείρημα, που το Ίδρυμά μας υποστηρίζει, είναι το υπό έκδοσιν βιβλίο του Θεάτρου «Άττις», όπου, πέρα από την έκδοση ενός βιβλίου για το θέατρο, περιγράφεται η Βιοδυναμική Μέθοδος του Θεόδωρου Τερζόπουλου, αποτέλεσμα της πολύχρονης έρευνας του εμπνευστού της στο πεδίο της θεατρικής εκφράσεως και ιδιαίτερα στηναρχαία τραγωδία. Η στήριξη του Ιδρύματος βοήθησε να ερευνηθεί και να οργανωθεί το αρχειακό υλικό, να ψηφιοποιηθεί μέρος του σχετικού υλικού, να συγκεκριμενοποιηθούν περίπου 3.000 ασκήσεις και να εξελιχθεί η μέθοδος.
Η σύζευξη αρχαίου δράματος και σύγχρονης ερμηνείας αποτελεί και το αντικείμενο των Διεθνών Συναντήσεων για το Αρχαίο Δράμα που διοργανώνει κάθε χρόνο το Ευρωπαϊκό Πολιτιστικό Κέντρο Δελφών. Στο πλαίσιο αυτό έχουμε κατ’ επανάληψη στηρίξει τις Συναντήσεις Νέων Δημιουργών, όπου διακεκριμένοι σκηνοθέτες και ηθοποιοί διδάσκουν μεθόδους πρόσλήψεως και ερμηνείας του αρχαίου δράματος από όλες τις παραστατικές τέχνες, δηλαδή το θέατρο, το χορό, τη μουσική, τις νέες τεχνολογίες κλπ. Πιστεύουμε ότι με αυτόν τον τρόπο όχι μόνο εμπλουτίζονται οι γνώσεις και οι εμπειρίες των συμμετεχόντων φοιτητών από όλες τις εγκεκριμένες σχολές της χώρας, αλλά προάγεται δημιουργικά και η ίδια η έρευνα.