Το πρώτο Διοικητικό Συμβούλιο, που συγκροτήθηκε την 11η Φεβρουαρίου 1980, αποτελείτο από τους Σπύρο Ι. Κωστόπουλο, Πρόεδρο, Γιάννη Σ. Κωστόπουλο, Αντιπρόεδρο και Γραμματέα, Δημήτριο Π. Μαντζούνη, Ταμία και Αναστασία Σ. Κωστοπούλου και Φώτιο Π. Κωστόπουλο, Μέλη.
Μετά τον θάνατο του Σπύρου Ι. Κωστοπούλου την 22 Ιουνίου 1984, ανέλαβε Πρόεδρος ο Γιάννης Σ. Κωστόπουλος και Αντιπρόεδρος και Γραμματέας η Αναστασία Σ. Κωστοπούλου, ενώ εξελέγη Μέλος ο Καθηγητής Κωνσταντίνος Δ. Κεραμεύς. Τον Φεβρουάριο 2011 παραιτήθηκαν από το Διοικητικό Συμβούλιο οι Φ. Κωστόπουλος και Κ. Κεραμεύς και εξελέγησαν στη θέση τους ο Θεόδωρος Ν. Φιλάρετος και ο Καθηγητής Θάνος Μ. Βερέμης.
Την 31η Αυγούστου 2019, κατά τη διεύρυνση του Διοικητικού Συμβουλίου, μετά από 40 συναπτά έτη ενεργού συμμετοχής, ο Γιάννης Σ. Κωστόπουλος και η Αναστασία Σ. Κωστοπούλου παραιτήθηκαν και ορίσθηκαν Επίτιμος Πρόεδρος και Επίτιμη Αντιπρόεδρος αντίστοιχα.
Το Διοικητικό Συμβούλιο σήμερα
Δημήτριος Π. Μαντζούνης
Δάφνη Γ. Κωστοπούλου
Γεννήθηκε το 1983. Σπούδασε στο Parsons School of Design στο Παρίσι (Bachelors Καλών Τεχνών, 2005). Εργάστηκε στο στούντιο φωτογραφίας του Μητροπολιτικού Μουσείου Τέχνης της Νέας Υόρκης (2006-2007). Το 2011 συμμετείχε σε έκθεση τέχνης στην Γκαλερί Σκουφά στην Αθήνα. Η πρώτη της ατομική έκθεση ήταν στον εκθεσιακό χώρο του ξενοδοχείου Δήλες & Ρηνειές το 2016 και, στη συνέχεια, στην γκαλερί Ευριπίδης το 2018 και το 2022. Έχει πάρει μέρος σε πολλές ομαδικές εκθέσεις στην Αθήνα και σε νησιά της Ελλάδος. Το 2019 ανέλαβε Αντιπρόεδρος Διοικητικού Συμβουλίου του Ιδρύματος Ιωάννου Φ. Κωστοπούλου.
Θοδωρής Ν. Φιλαρέτος
Αθανάσιος (Θάνος) Μ. Βερέμης
Πλάτων Δ. Μαυρομούστακος
Νικόλαος (Νίκος) Χ. Σταμπολίδης
Γεννήθηκε στα Χανιά της Κρήτης. Σπούδασε Αρχαιολογία στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης (Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας) με καθηγητές τον Μ. Ανδρόνικο και τον Γιώργο Δεσπίνη. Κατόπιν έκανε μεταπτυχιακές σπουδές στο Πανεπιστήμιο της Βόννης (1975-1978) και ολοκλήρωσε το διδακτορικό του στη Θεσσαλονίκη (1979).
Έχει συγγράψει, επιμεληθεί, πλήθος βιβλίων, καταλόγους εκθέσεων και άρθρων στην ελληνική, αγγλική, γερμανική γλώσσα. Έχει λάβει μέρος με ανακοινώσεις σε Διεθνή και τοπικά Συνέδρια και Συμπόσια έχει οργανώσει πολλά από αυτά. Έχει δώσει διαλέξεις σε δεκάδες Πανεπιστήμια, Μουσεία, Οργανισμούς, Ιδρύματα στην Ελλάδα και το εξωτερικό. Έχει διδάξει, ξεναγήσει και εκπαιδεύσει εκατοντάδες φοιτητών του Πανεπιστημίου Κρήτης καθώς και άλλων Πανεπιστημίων της χώρας και του εξωτερικού, σε αρχαιολογικούς χώρους στην Ελλάδα και στο εξωτερικό (κυρίως τη Μεσόγειο και την Εγγύς Ανατολή), σε ανασκαφές (Ρόδο, Δήλο κ.α. και κυρίως στην Ελεύθερνα της Κρήτης).
Έχει ανασκάψει στη Βεργίνα, τους Φιλίππους, τη Χαλκιδική, τη Ρόδο, την Ελεύθερνα κ.α. Τον Ιανουάριο του 2011 το σχέδιο κατασκευής του Αρχαιολογικού Μουσείου στην Ελεύθερνα που βασίζεται σε μελέτη του ιδίου, λαμβάνει ομόφωνη έγκριση από τη Διεύθυνση Μουσείων Εκθέσεων και Εκπαιδευτικών Προγραμμάτων του Υπουργείου Πολιτισμού και στις 19 Ιουνίου 2016 εγκαινιάζεται το μουσείο. Το μουσείο συγκεντρώνει πλέον καθημερινά περί τους 800 επισκέπτες από όλες τις χώρες του κόσμου, ακόμη και τους χειμερινούς μήνες.
Ομότιμος Καθηγητής Αρχαιολογίας στο Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης το οποίο υπηρέτησε επί 36 χρόνια και ως Πρόεδρος του Τμήματος Αρχαιολογίας και Κοσμήτορας της Φιλοσοφικής Σχολής. Έχει διατελέσει Διευθυντής του Μουσείου Κυκλαδικής Τέχνης στην Αθήνα, για 25 έτη ( βράβευση από τον διεθνή φορέα «Global Fine Arts Awards»), Τακτικό Μέλος του Κεντρικού Αρχαιολογικού Συμβουλίου της Ελλάδας επί 21 έτη και από τον Σεπτέμβριο του 2021 υπηρετεί το Μουσείο Ακρόπολης, στη θέση του Γενικού Διευθυντή.
Έχει λάβει 14 τιμητικές διακρίσεις ανάμεσα στις οποίες ξεχωρίζουν ο Μεγαλόσταυρος της Ελληνικής, της Ιταλικής και της Ισπανικής Δημοκρατίας για τη συμβολή του στα Γράμματα, τις Τέχνες και τον Πολιτισμό. Είναι Μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου του Ιδρύματος Ιωάννου Φ. Κωστοπούλου από το 2022.